Die Zwiebeln in feine Würfel schneiden und mit etwas Öl glasig anbraten. Den Knoblauch auspressen und dazugeben. Den Zucker darüber streuen und das ganze leicht karamellisieren lassen. Die geschälten Tomaten (inklusive Saft) und das Paprikamark dazugeben. Mit Salz, Pfeffer und Thymian abschmecken und mit einem Stabmixer pürieren.
Die Aubergine, Zuccinis und roten Zwiebeln mit einem Gemüseschneider in dünne Scheiben hobeln. Die Tomaten ebenfalls in dünne Scheiben schneiden.
Die Thymianblätter von den Zweigen abzupfen. Den Balsamico, Zitronensaft, Honig, Salz und Pfeffer hinzugeben und mit einem Schneebesen verrühren. Dann das Öl dazugeben und zu einer homogenen Vinaigrette kräftig verrühren.
Die Tomaten-Paprikasauce auf dem Boden einer Auflaufform gleichmäßig verstreichen. Abwechselnd die Gemüsesorten aufrecht in die Auflaufform legen. Die Vinaigrette gleichmäßig über dem Gemüse verteilen.
Bei 180°C Umluft mit einem Backpapier bedeckt für 45 Minuten im Ofen backen. Anschließend das Backpapier entfernen, den Hirtenkäse darüber bröseln und noch einmal für 15 Minuten backen.