Das Gemüse klein schneiden, die Zwiebeln in einem großen Topf glasig braten und dann das restliche kleingeschnittene Gemüse hinzugeben und anbraten.
Die Linsen mit der Gemüsebrühe in den Topf hinzugeben und kochen lassen. Wenn die Flüssigkeit größtenteils ausgekocht ist, die passierten Tomaten in den Topf geben.
Während die Gemüsebolognese weiter auf geringerer Hitze köchelt, in einem zweiten Topf die Butter vollständig schmelzen, bis sie bruzelt. Anschließend die Mehl hineinrühren und einen Schluck Milch hinzugeben. Weiter rühren, bis die Masse wieder fest wird. Weiter schluckweise die Milch hineinschütten und verrühren, bis die gesammte Milch aufgebraucht ist. Mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss abschmecken.
Eine Auflaufform einfetten und nacheinander mit drei Nudelplatten, Gemüsebolognese und Béchamelsoße schichten. Als oberste Schicht auf die Nudelplatten Béchamelsoße schichten und mit Käse abschließen.
Bei 200°C 45 Minuten im Ofen backen.